A Universidade de Évora é organizada em 5 unidades orgânicas: Escola de Artes, Ciências e Tecnologia, Ciências Sociais, Enfermagem e, o IIFA – o Instituto de Formação Avançada e Investigação (IIFA). A Universidade oferece 33 licenciaturas e 41 programas de pós-graduação
A investigação e Desenvolvimento (I&D) abrangem várias áreas científicas através de uma rede de 14 unidades de investigação, todas submetidas a avaliação internacional e coordenada pelo IIFA. O Centro de Estudos Avançados em Gestão e Economia da Universidade de Évora (CEFAGE-UE), criado em 2006, tem a classificação mais elevada de "Excelente".
As actividades de Investigação são geridas de forma multi-disciplinar e inter-departamental e em programas e projectos específicos a fim de aproveitar sinergias e articulações entre as diferentes áreas. As principais áreas de investigação são: Agronomia e Biodiversidade; Geofísica, Ambiente e Paisagismo; Materiais e Ciências da Superfície; Ciências Económicas e Empresarias; Ciências da Computação e Interoperabilidade; Ciências Sociais e Políticas, História, História de Arte, Ciência e Culturas; matemática Aplicada; Educação; Linguística e Literatura; Saúde do idoso.
As maiorias dos 250 projectos de I&D em execução, são realizados através de parcerias nacionais e internacionais e financiados pelo 7º Programa Quadro da União Europeia Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) e sector privado. Para além disso, a Universidade tem duas Cátedras em áreas de excelência: Biodiversidade e Energias Renováveis, ambas financiadas pelo sector privado.
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